Geboren in Bozen, erhielt der Organist und Cembalist seine erste musikalische Ausbildung am dortigen Konservatorium „Claudio Monteverdi“. In München studierte er Orgel und Kirchenmusik bei Harald Feller sowie Cembalo bei Christine Schornsheim. Schon während seiner Studienzeit erhielt er einen Lehrauftrag als Korrepetitor an der Hochschule für Musik und Theater München und wurde Assistent von Hansjörg Albrecht beim Münchener Bachchor.

Peter Kofler konzertierte mit namhaften Ensembles, wie dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, den Münchner Philharmonikern, der Kremerata Baltica und dem Chamber Orchestra of Europe und arbeitete mit Dirigenten wie Mariss Jansons, Krzysztof Penderecki, Heinz Holliger und Peter Schreier zusammen. Zu seinen Kammermusikpartnern zählen u. a. Christine Schornsheim, Francois Leleux und Ramón Ortega Quero. Bei internationalen Musikfestivals gastiert Peter Kofler regelmäßig als Organist und Cembalist.

CD- und Rundfunkproduktionen runden seine Künstlertätigkeit ab. Für den ARD-Musikwettbewerb 2007 wurde Peter Kofler als offizieller Cembalobegleiter eingeladen.

Von der Bücher-Dieckmeyer Stiftung erhielt er den Förderpreis zur Pflege der Kirchenmusik in Bayern.

Peter Kofler ist künstlerischer Leiter des Münchner Orgelherbstes und des Klassikchores München. Seit August 2008 ist er Organist an der Jesuiten- und Hofkirche St. Michael in München.